Kementerian Pengangkutan telah menubuhkan pasukan penyiasat khas untuk mengenal pasti punca kemalangan.[4] Menteri Pengangkutan, Datuk Seri Wee Ka Siong mengatakan bahawa laporan awal kemalangan akan dihantar ke Agensi Pengangkutan Awam Darat (APAD) pada pagi keesokannya, 25 Mei 2021. Beliau juga menganggarkan proses penyiasatan akan mengambil masa dua minggu bagi mengenal pasti punca kemalangan ini sama ada akibat kesilapan manusia, kegagalan komunikasi atau kegagalan sistem perisyaratan.[3]

Meskipun begitu, beliau bertegas dengan anggapan bahawa perlanggaran itu berlaku akibat kesilapan pemandu tren 40; beliau berkata bahawa tren itu sepatutnya bergerak ke arah selatan (ke stesen Dang Wangi), tetapi sebaliknya dipandukan ke arah bertentangan lalu melanggar tren 81.[5] Kenyataan ini menimbulkan persoalan oleh beberapa pihak, terutamanya bekenaan kegagalan peranan pusat pengendalian dan sistem perisyaratan rel sehingga menyebabkan pemandu tersalah arah.[6]